Al ser una universidad estatal y pública, la Facultad de Medicina PJSU lleva a cabo sus actividades bajo la supervisión del Ministerio de Educación, por lo que cumple con la acreditación del Gobierno de la República Eslovaca y de la Unión Europea.
A partir del curso académico 2001/2002, con la implementación del Plan Bolonia, está en vigor el Sistema de Créditos Europeos de Transferencia (ECTS) en la Universidad. Gracias a este sistema, se promueve y facilita la movilidad europea de los estudiantes, ya que es mucho más sencillo conseguir las convalidaciones y los traslados de expediente.
Los títulos obtenidos por los estudiantes que escojan la PJSU para cursar sus estudios, están reconocidos no solo en toda la UE, sino también en EEUU.
Además, la Universidad colabora con una gran cantidad de universidades e instituciones europeas entre las que se encuentran las ubicadas en Praga, París, Nantes, Burdeos, Padua, Essen, Düsseldorf, Ámsterdam, Utrecht, Zúrich, Salamanca o Cracovia. También tiene convenios de colaboración del Programa Erasmus, entre los que cabe destacar los que ha firmado con las facultades de Medicina de la Universidad de Salamanca, de la Universidad de Málaga o de la Universidad Miguel Hernández de Alicante.
La Universidad es miembro desde 2004 de la Asociación de Universidades Europeas (European University Association – EUA), la organización principal en lo que se refiere a la representación de las universidades y de las conferencias nacionales de rectores a nivel europeo. La misión de la EUA es promover el desarrollo de un sistema de educación superior e investigación europeo coherente dentro de la UE. La EUA aspira a lograr su misión a través del apoyo activo y del asesoramiento a sus miembros con el objetivo de elevar la calidad de la educación, el aprendizaje y la investigación, para poder contribuir a la comunidad europea.
La Universidad Pavol Josef Safárik es miembro firmante de la Magna Charta Universitatum.